アンダーパーが1人も出ない難コースの中で、1オーバーパーの首位タイに並んだのは、ベテランの佐藤信人はじめB.ケネディら5人。1打差の6位タイグループには中嶋の他、平塚哲二、小田孔明がつけている。賞金ランキングトップに立ち悲願の日本オープン初優勝を狙う藤田寛之は3オーバーパーで藤本佳則らと9位タイグループにつけている。
一方、2週連続優勝の期待がかかる池田勇太は松山英樹らとともに7オーバーパーの46位タイ。石川遼はショット、パットともに精彩を欠き、1バーディ・7ボギー・1ダブルボギーの8オーバーパーで67位タイと大きく出遅れた。

この日注目を集めたのは地元出身の宮里優作。
宮里はこの日ベストスコアタイとなる69をマークし、中嶋、佐藤、藤田、昨年大会でプレーオフで惜敗した久保谷健一とともに通算5オーバーパーの3位タイに順位を上げた。池田はこの日1つスコアを落として通算8オーバーパーの16位タイ。日本アマチュアゴルフランキング1位の松山は、通算11オーバーパーで41位タイ。大きく出遅れた石川も75とスコアを落とし、53位タイと低迷が続いている。
なお、この日カットが行われ、通算13オーバーパーの56位タイ、62名が第3ラウンド進出を決めた。

ギャラリーの声援を一身に浴びている宮里優作は、その声を背に2バーディ・3ボギーの72と粘りのプレーで通算6オーバーパーの4位タイに順位を上げて、地元でのプロ初優勝に望みをつないだ。
さらに2打差の5位に池田勇太、通算10オーバーパーの7位タイに藤田寛之がつけ、優勝杯をめぐる争いは混戦模様となった。

単独首位でスタートした平塚が2番でダブルボギーを叩くなど、序盤でスコアを落とすと、パグンサンが平塚を逆転し前半で単独首位に立つ。強風の下を抜くアイアンショットを駆使して、安定したプレーを続けるパグンサンを猛追したのは6打差6位でスタートした久保谷だった。

久保谷は前半を1オーバーパーで終えると、10番であわやアルバトロスかというスーパーショットを見せてイーグルを奪うなど、後半は2アンダーパー。通算8オーバーパーでホールアウトし、後続組のプレーを待つ。
堅実なプレーを続け、久保谷に2打差をつけて、ほぼ優勝杯を手にしたと思われたパグンサンだったが、17番に思わぬ落とし穴が待っていた。パー3のこのホールでパグンサンのティーショットは、突風に煽られハザードに消えた。このホールをダブルボギーとしたバグンサンは、最終ホールを久保谷と同スコアで迎える。
しかし、一度逸した流れを取り戻すことが出来なかったパグンサンは、2メートルのパーパットを決められず通算9オーバーパーでホールアウト。この瞬間、久保谷の大逆転で日本オープン初優勝。

平塚は通算10オーバーパーで3位、宮里優作は通算12オーバーパーの4位タイに終わった。
なお、この日70でプレーした松山英樹が通算13オーバーパーで全体の7位タイに入り、自身2度目のローアマチュアを獲得した。